官署名。清代管理少数民族事务之机构。掌内外蒙古、青海、西藏、新疆及四川等地区的蒙、回、藏族事务，咸丰十一年(1861)前兼办理与俄罗斯、廓尔喀等国的交涉、通商及其入贡事宜。崇德元年(1636)初设“蒙古衙门”，三年更名理藩院，置承政，左、右参政以及副理事官、启心郎等。顺治元年(1644)改承政为尚书，参政为侍郎，副理事官为员外郎，并增设堂主事、校正汉文官、司务、副使、笔帖式等职。十八年，定理藩院官制体统与六部同，尚书入议政之列，位在工部之后，并置录勋、宾客、柔远、理刑四司，增设郎中等官分司其事。其后，内部机构、设官屡有增裁变易，至乾隆二十九年(1764)基本定制。额设满尚书一人，综理院务;左、右满侍郎(间以蒙古人充任)各一人及额外蒙古侍郎(以贝勒、贝子之贤能者拣任)一人佐之;并特简王、公、大学士一人兼管院事。下设旗籍、王会、典属、柔远、徕远、理刑六司，以及满档房、汉档房、蒙古房、司务厅、当月处、督催所、银库、饭银处、俸档房等机构，并附设内馆、外馆(内外蒙古来京人员住处)、蒙古官学、唐古特学、托忒学、俄罗斯馆、喇嘛印务处、木兰围场等机构，各设官掌事。总理衙门设立后，职权范围缩小，不再办理对外交涉。光绪三十二年(1906)，改为理藩部。