中日《马关条约》规定将台湾割让日本，中国人民义愤填膺，掀起了声势浩大的反对割台的斗争浪潮。各界人士以罢市、发布檄文、通电、上书等方式表示强烈抗议。台湾人民更是“捶胸泣血，万众一心，誓同死守”。清政府却不顾人民的意愿，一意孤行，派李经方(李鸿章之子)于1895年6月2日(光绪二十一年五月初十日)与日本签订交割台湾证书。而在此前四天， 日本侵略军已从基隆以东五十里的澳底登陆，清政府命令台湾文武官员内渡， 日军不日即陷基隆、台北。台湾巡抚唐景崧遵旨内渡厦门。帮办台湾军务、台南守将刘永福，在爱国军民的拥护下领导抗战。他集众订立盟约，提出“众人一心，兵民一气，不计生死”的口号，与蜂拥而起的民众武装义勇军团结配合，共同战斗。义勇军以吴汤兴、徐骧、姜绍祖等部最为著名。他们先是在台湾北部的新竹一带屡挫日军，后因粮械不济失利，姜绍祖在战斗中被俘牺牲。吴汤兴、徐骧等率部南撤，在苗栗一带奋勇拒敌后，与刘永福所派前来接应的吴彭年部黑旗军，一道退守大甲溪。后在刘永福亲军七星队的增援下，在台湾中部重镇彰化与日军激战，给敌人以重创，吴汤兴、吴彭年及七星队大多数战士壮烈牺牲，彰化失守。接着，爱国军民艰苦御守嘉义，台南。在危急的形势下，刘永福弃军内渡，徐骧力战阵亡。10月21日(九月四日)台南失陷。日军自澳底登陆至此时侵占全台，历时五个月之久，投入兵力五万余，伤亡及疲病遣返者共达三万余。号称最精锐的日本近卫师团，被消灭了将近一半，师团长、亲王北白川能久中将、旅团长山根信成也先后重伤毙命。此后五十年间，台湾人民不断进行反对日本殖民统治的斗争。