元朝掌管医药事务的官署。掌修治御用回回药物及和剂，治疗诸宿卫士及在京孤寒者。正三品。至元七年(1270)始置提举2员。后定置司卿4员，少卿、司丞各2员，经历、知事、照磨各1员。至元二十九年(1292)，置大都(今北京)、上都(今内蒙古正蓝旗东)回回药物院2所，掌回回药物事。至治二年(1322)，亦拨隶该司，设达鲁花赤1员、大使2员、副使1员。

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