清雍正五年(1727)置，属台湾府，光绪十三年(1887)改属台南府。驻地即今台湾澎湖县文澳乡。管辖澎湖及其周围岛屿，有总兵驻其地。二十一年为日本侵占后移治马公镇。1945年抗战胜利后改设澎湖县。