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就动物或植物的形态、结构、功能以至在个体发育和系统发育等各方面，作了综合的、深入的研究后，所进行的分类法。19世纪开始，逐渐盛行。自然分类法能在一定程度上反映出客观的生物界进化的情况，但各专家建立的分类系统，仍未一致，有待进一步研究。
