官署名。①清末陆军部所属机构。光绪三十二年(1906)设。掌陆军卫生、治疗、防疫、医药器具，兼司军医人员之教育、升调。初辖医务、马医二科。宣统二年(1910)改辖卫生、医务二科。置司长一人掌司事，下设科长二人，科员十四人，副官一人，录事人员，分司各职。②清末海军部所属之机构。宣统元年(1909)设于筹办海军事务处，时称医务司，二年，改军医司，同年併入海军部。掌海军疗伤、医药、卫生及军医教育。辖医务、卫生二科。置司长一人掌司事，下设科长二人，科员四人，录事三人，分司各职。

官署名。(1) 陆军部所属。清末设置，掌全国陆军卫生、治疗、医药器具及军医计调、教育事务。主官有司长一人，下设司副官一人，科长二人及科员、录事若干人。司的内部分设医务、卫生两科，分掌司事。南京临时政府陆军部设军医局，以局长为主官。北洋政府时期复称军医司，其职掌如下：一、军医、兽医各种诊疗机关;二、体格检查;三、伤病等差的诊断;四、防疫和卫生试验;五、卫生材料和铁蹄;六、战时卫生勤务各种规则;七、军医、司药、兽医所属各项人员的勤务教育、考绩和补充;八、卫生报告、统计和调查;九、红十字会和恤兵团体。民国十六年(公元1927年)张作霖执政时军医司改隶军事部陆军署。国民党政府军政部陆军署亦设军医司。(2)海军部所属。清末置，掌海军卫生、疗伤、医药及军医教育等事。主官有司长一人，下设科长二人，科员、录事若干人。北洋政府海军部不设军医司，有关事务归军务司办理。国民党政府制同。