官名。明初以南京为首都，永乐元年(公元1403年)改北平为北京，置行部尚书二人，侍郎四人，所属有六曹清吏司。后又分置六部，各称行在某部。十八年(公元1420年)定都北京，以南京为留都，六部官属移至北京，不称行在，但留都仍设礼、刑、工三部，各置一侍郎。在南京之官加“南京”字于其职衔。洪熙元年(公元1425年)复置各部官属於南京，去“南京”字，而以在北京者加“行在”字，仍置行部。宣德三年(公元1427年)复罢行部。正统六年(公元1441年)于北京去“行在”字，於南京仍加“南京”字，遂为定制。南京六部亦有尚书等官，品秩与北京同，但其组织机构较小，自弘治后各部设尚书与右侍郎，为正副长官。南京各部无固定职权，惟吏、兵、刑三部稍有实职。吏部考功司每六年一次考察南京官吏，不经过北京吏部。兵部长官名为尚书参赞机务，同内外守备官操练军马，抚卹百姓，禁戢盗贼。刑部各司分掌南京诸司及公、侯、伯、五府、京卫、所刑名之事。南京除设六部之外，并有都察院及诸寺监等机构，被排斥的官员往往安置在南京部院衙门，于是形成一种与北京相抗衡的势力，遂有两京官员势力迭为消长，操纵朝局的现象。