孙中山准备北伐的指挥机关。民国十一年(公元1922年)因陈炯明的叛变，非常大总统被迫离开广州，政府和国会均被破坏。当时北洋军阀正宣扬“法统恢复”，国会议员遂多北上。十二年(公元1923年)初，陈炯明被逐，孙中山回粤，当时非常国会既不存在，“护法”也失掉意义，便不再用军政府的名义。其时广东军队颇多，不能不有所统率，于是孙中山就以大元帅名义统率各军。三月二日组成大元帅大本营。大元帅的职权为掌理政务，指挥、调度各军，任免重要官吏，决定政府机关的设置或裁并，公布条例、发布命令等。大本营内部设置四部、两局、一库、两处：四部为外交部、内政部、财政部、建设部;两局为法制局，军计局。一库为金库。两处为参谋处，秘书处，两处分别以参谋长与秘书长为主官，另有参军长。另外以大元帅直辖大理院，为最高审判机关，兼管司法行政事务，并配置总检察厅。大元帅大本营于民国十四年(公元1925年)七月一日改组为广州国民政府。