护国军为反对袁世凯称帝联合组织的军政机关。为反对袁世凯称帝，民国四年(公元1915年)十二月二十五日云南首先宣布独立，组织护国军，出兵讨伐。次年初，贵州和广西相继宣布独立，四月六日，广东也被迫宣布独立。各省护国军共同组织的最高机关是护国军政府，其具体的机关则是军务院，民国五年(公元1916年)五月八日成立，设于广东肇庆。依照护国军政府第四号《宣言》所载《军务院组织条例》的规定，军务院是特殊时期的全国最高军政、民政机关，遥奉合法大总统，代行国务院和陆海军大元帅的职权，统一筹办全国军机，指挥军事，并筹办善后一切政务。设抚军若干人，用合议制裁决庶政。其人选由独立各省都督、都司令、参谋，独立各省指挥两师以上的总司令充任。设抚军长、抚军副长各一人，由抚军互选。军务院设置政务委员会，由抚军互选政务委员长一人，委员无固定员额，分掌外交、财政、法制等各项政务。军务院设置各省代表会，由独立各省都督各派代表二人组成，以备政务上的咨询。军务院设秘书若干人掌办机要，其后并增设秘书长。军务院对内、对外有特别事故时，由抚军会议的同意，得任命专使处理。袁世凯死后，黎元洪接任大总统，军务院遂于七月十四日撤销。