明朝永乐时，南京官署均移迁北京，仅留礼、刑、工三部各一侍郎。仁宗以后，又补设各官，吏、户、礼、兵、刑、工六部各置尚书一人、右侍郎一人；都察院，设右都御史、右副都御史等官；通政司，设通政使、右通政等；大理寺，设卿、右丞等；翰林院设学士、孔目等；国子监，设祭酒、司业。其余各官署，官员也类似北京。只是南京各官，有些是在北京被排挤任南京官的。见《明史·职官四》。