清初设太仆寺左翼牧厂，1936年改为太仆寺左旗。治所在炮台营子(今内蒙古太仆寺旗西南贡宝拉格苏木)。1956年宝昌县撤销并入，改称太仆寺旗，移治宝昌镇。