清乾隆十八年 (1753) 于额济纳土尔扈特部置，直隶理藩院。在今内蒙古额济纳旗境内。1914年划归甘肃省，属宁夏护军使。1928年属宁夏省。1949年改为额济纳旗。治所无定。中华人民共和国成立后驻达兰呼布 (今额济纳旗)。后迁赛汉陶来。1952年改设额济纳旗自治区。1954年复属甘肃省。1955年改为额济纳自治旗。1956年划归内蒙古自治区，复改额济纳旗。1959年迁今治达兰呼布镇。“额济纳” 即 “亦集乃” 的音转，意为黑水。

古旧旗名。西套蒙古二旗之一。清康熙四十二年(1703年)土尔扈特部内属，定牧于额济纳河，遂称额济纳土尔扈特。乾隆十八年(1753年)设旗。治今额济纳旗西南。地域约当今内蒙古额济纳旗和阿拉善右旗西北小部分。直属理藩院。1952年改置额济纳自治区。