1913年改巴楚州置，属新疆喀什噶尔道。治所即今新疆巴楚县。清乾隆《西域同文志》卷3：巴尔楚克，“回语，楚克，全有也。地饶水草，故名”。1930年属喀什噶尔行政区。后直属新疆省。

在新疆维吾尔自治区西南部。属喀什地区。面积2.2万平方千米。人口38.8万。辖4镇、8乡和5县办农牧、林场。县人民政府驻巴楚镇。巴楚是“巴尔楚克”的简称。汉代称尉头，唐设尉头州。《新唐书·地理志》记：“尉头州，城名，‘据史德城’在赤河北岸孤山上”。即今称托库孜萨热依古城(也称唐王城)。清乾隆初期，巴楚始称“玛喇巴什”，1903年定汉语名为巴楚，维吾尔语仍用玛喇巴什。从此两个不同含义的名称沿用至今。清光绪九年(1883年)在此置玛喇巴什直隶厅，改属喀什噶尔道管辖。光绪二十九年直隶厅改设为州，州治迁至巴楚，即今县城。1913年巴楚州改为巴楚县，属喀什噶尔道。1924年废道直属新疆省。1949年属喀什专区，1955年直属南疆行政公署，1956年复属喀什专区。1970年属喀什地区。主要河流有叶尔羌河。属南温带大陆性干旱气候。主产棉花、小麦、玉米，特产蘑菇、甘草、罗布麻。矿产有铁、铜、钛、铅等。南疆铁路和315国道经此。建有革命烈士纪念碑。